液体やブロック、回路などの更新は、プレイヤーから一定距離以内じゃないと行えない場合があります。 また、ポンプを使っての「増殖」があるせいで、吸い上げた分より多く排出される場合や 一定以上の広さの水源、溶岩源は無限化するので、無限化しているのかもしれません。 砂ブロックを落とすなどして仕切りを作ってから吸い上げてみては?