ツール対策を教えてください。WiKiサーバ３にて

聞いただけだと、パケット直送型の荒らしBOTっぽいですね・・・
しかもメモリ上のデータをいじる系統のチートツール併用型かな？
サーバー側の通信設定（ルーター含む）で、IP BANするくらいしか手が無いように思えます。

もしかしたら、このwikiに紹介されている
「ツール　->　10 PG用フィルター（海外からの接続を制限する）」
これを使えば一時的な対処は可能かもしれませんが、
国内の公開プロクシ鯖もついでに弾くように設定しても、完全には防げない気がします。
グローバルIPじゃなく、ルーターのMACアドレスで蹴れたらなぁ・・・あぁ、モノによっちゃ書き換え可能だからムリか。

tShockなどで、一見さんは破壊権限を与えないグループに強制加入、などの設定かプラグイン導入くらいでしょうか。

いずれにせよ、サーバーを物理的に管理している方でないと、設定を行うことが出来ないレベルでしか防げないと思います。
リモートでサーバーPCのOSを操作できるなら、また別の話ですが。