こちらでも同じ現象を確認しております。
キーコンフィグでゲームが停止・操作不能になった場合は、Terrariaを最小化→戻せば大抵操作可能になります。
私の環境での対処手順は、
変更したいキーをクリック ⇒ Ome～になる ⇒ Terrariaを最小化・戻す ⇒ 先ほどのOme～をクリック（黄色の文字に変わる） ⇒ 指定したいキーを入力（指定したキーに文字が置き変わる） ⇒ Terrariaを最小化・戻す ⇒ Back（または初めに戻る） という手間の掛かる方法ですが一度お試しください。
