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それはデスペナルティではなく、仕様と呼びます。
「ワールド再生成の際にはドロップアイテムは消失する」
という仕様です。
「死んだから消えた」ならデスペナルティですが、そのアイテムが消失した理由は、死んでベッドに戻った際「一旦ワールド再生成をした」からなのです。
死んで戻った後一度ゲーム終了したんですよね？それが原因です。
まぁ理由はともあれこの問題は色々な場でよく問われる内容なので、仰る通りFAQに載せるべきだと私も思います。
なので書き加えさせていただきました。