NPCはランダムで住む家を決めます。 スポーンした時は勿論ですが、今まで住んでた家が「家」として認識できないようになった時も、その時に別の家を自分の家にします。 例えば壁や天井のブロックを1つでも壊してしまうと、すぐに修復したとしても、他に空き家があるとそちらに移ってしまいます。
ハウジングボタンからNPCが住めるかどうかのチェックを行えますので、一度確認してみてください。 また、ハウジングボタンからNPCの住む場所を自由に変えることも出来るので、是非ご活用ください。