祭壇はワールド一つにいくつかできるものなので一つ壊しても問題はありません。 鉱石ができるのは最下層のボスである壁(Wall of Flesh)を倒してから突入するハードモードからになります。 通常なら壊れない祭壇ですがハンマーで壊すと自分にHPの半分以上のダメージが入るのですが、 足場で壊れるのは初めて聞きました。 特に不具合は気にしなくていいかもしれません。